Історія школи сягає коренями 1932 року, коли на території націоналізованої владою садиби колишнього київського цукропромисловця, купця 1-ї гільдії Симхи Лібермана було споруджено триповерхову будівлю для розміщення в ній школи для дітей, що мешкали поблизу. Крім неї у колишньому купецькому маєтку знайшли притулок також дитяча консультація Охматдиту, дитячі ясла й садочок. Утім, уже в 1934 році частину садиби з капітальними будинками було передано Раднаркому республіки (згодом там діяв міський будинок пропаганди і агітації ім. Сталіна, а з 1953 року – Спілка письменників України). Школа залишилася єдиним закладом, що зберігся на цій території з тих часів, і відтоді жила власним життям. Під час Великої Вітчизняної війни будівля школи зазнала значних пошкоджень. Відомо, що, розібравши частину її стіни, окупанти використовували перший поверх для зберігання своєї техніки. Проте, майже відразу після звільнення Києва школа знову відкрила свої двері для дітей. Щоправда, лише для хлопчиків, оскільки працювати почала як чоловіча. Та в такому статусі вона перебувала недовго: з 1 вересня 1945 року її було перетворено на жіночу. Останній випуск жіночого класу відбувся у 1955 році. З плином часу кількість класів зростала, і невдовзі школі стало затісно в старому приміщенні. Тож наприкінці п’ятидесятих років її будівлю було реконструйовано. Завдяки добудові четвертого поверху і бічних приміщень площа її вдвічі збільшилася – з 1 853 до 3 899,7 квадратних метрів.

У столиці школа завжди була досить відомою, тому часто приймала в гості знаних не лише в країні, але й далеко за її межами людей. З учнями нашої школи зустрічалися видатний біохімік, засновник Українського біохімічного інституту, голова Академії Наук України (1946 – 1962 рр.), академік кількох академій Олександр Палладін, видатна українська актриса, народна артистка СРСР Ольга Кусенко, уславлені командири партизанських з’єднань двічі Герой Радянського Союзу, генерал-майор Сидір Ковпак і двічі Герой Радянського Союзу, генерал-майор Олексій Федоров, легендарний майор Вихор – Герой Радянського Союзу Євген Березняк, герой Малинського підпілля Валентин Соснін, письменник і протягом тривалого часу головний архітектор Києва, Герой Радянського Союзу Семен Тутученко, відомі дитячі письменники Юхим Чеповецький і Віра Карасьова, олімпійський чемпіон з бігу на короткі дистанції Валерій Борзов та багато-багато інших. Особливо запам’ятався учням нашої школи візит першого космонавта планети Юрія Олексійовича Гагаріна разом з композитором Олександрою Пахмутовою та поетом Миколою Добронравовим навесні 1966 року. Тоді Ю.О.Гагарін відвідав Київ, і єдина школа, в якій він побував, була наша . Цей візит було знято нашими учнями на кінокамеру і запис розшукали під час підготовки до 70 –річного ювілею школи в 2002 році.

Великою повагою користувалися і користуються вчителі школи. Багато поколінь випускників згадують уроки заслужених вчителів України, викладача фізики Віктора Михайловича Горновського, викладача історії Тамари Федорівни Клименюк (вона, до речі, понад 25 років очолювала цю школу), учителя математики, автора кількох книг з методики викладання цієї дисципліни Михайла Григоровича Шваєцького та інших. 18 років директором школи була вчитель-методист, викладач математики Алла Марківна Євдомашко.

З 1972 до 1974 року в школі було відкрито класи з поглибленим вивченням хімії. Згодом, з 1980 до 1997 року, в школі працювали спеціалізовані спортивні класи, в яких навчалися юні ватерполісти, борці, плавці, п’ятиборці та представники інших видів спорту. Серед випускників школи такі відомі спортсмени, як дворазова чемпіонка світу з художньої гімнастики Ірина Дерюгіна, чемпіон Європи з водного поло Геннадій Грачов, чемпіон України з водного поло Сергій Фесенко, чемпіон і рекордсмен СРСР з плавання серед юніорів Аркадій Іванченко, чемпіон України і чемпіон світу з п’ятиборства серед юнаків Михайло Єфременко.

У 1993 році за рішенням міського відділу освіти й на прохання міського грецького земляцтва в школі № 94 було відкрито класи з вивченням грецької мови як другої іноземної. З того часу педколектив тісно співпрацює з грецьким товариством “Еллада”, товариством ім. Іпсіланті та з посольством Греції в Україні. У школі створено два кабінети грецької мови, де зібрано методичну, довідкову й художню літературу, присвячену Греції та її стародавній культурі, діє клуб українсько-грецької дружби “Ластівка”. Вчителі школи стажувалися в університетах Греції і підтримують зв’язки з освітніми закладами цієї країни. Серед партнерів школи – міністерство освіти Греції, Салонікський і Янінський університети тощо. Школа стала своєрідним науково-педагогічним майданчиком відпрацювання методики вивчення грецької мови і культури. А її вчителі – до певної міри законодавцями організації вивчення цих предметів в Україні. Адже авторство першого грецького букваря для українських дітей, підручників і програм для 1-3 класів належить колишньому викладачу саме дев’яносто четвертої київської школи Олегу Угріновичу. Інша колишня вчителька школи, а нині – викладач новогрецької у Слов’янському університеті Людмила Макарова підготувала навчальну програму з вивчення мови для 1-6 класів і підручник для 5-7 класів. Сьогодні школа №94 має статус базової школи Слов’янського університету, тут щороку проходять практику студенти, які вивчають новогрецьку філологію. А кращі учні “грецьких” класів мають змогу влітку відпочивати в Греції і, спілкуючись зі своїми однолітками, вдосконалювати володіння новогрецькою мовою. Команда школи, представляючи Грецію, неодноразово виборювала призові місця в міських фестивалях європейських країн.

Справедливо пишається школа № 94 і своїми випускниками. Серед них - ректор Київського торговельно-економічного Університету Анатолій Мазаракі, генеральний директор кінофестивалю “Молодість” Андрій Халпахчі, відома співачка, лауреат міжнародних конкурсів Марія Ліпинська, автор підручників та посібників з історії Тетяна В’ячеславівна Ладиченко. А ще – будівельники й художники, інженери й лікарі, вчителі й вчені, журналісти й моряки, військовослужбовці тощо. Має школа й свої династії – династії учнів, бо колишні випускники школи приводять до неї своїх дітей та онуків. Так, уже закінчили цю школу Тетяна Заболотна – донька срібної медалістки Єлизавети Галанової та Антон Сафонов – син золотої медалістки Оксани Тутученко, Анна та Світлана Кушнір – медалістки, доньки випускника школи, золотого медаліста Леоніда Кушніра; Олександр та Катерина Шкуренки – діти випускника шістдесятих років Олександра Шкуренка та багато інших.