Асоціація керівників шкіл існує з травня 1993 року. Цього ж року вона стала асоційованим членом ЕSНА (Європейської асоціації керівників шкіл). У жовтні 1984 року на виборчій конференції були обрані:

Президент АКШУ	- Олена Онаць, директор сш 41м. Києва
Віце-президенти:	- Тамара Умурзакова, директор гімназії №7, м. Рівне
	- Сергій Січко, директор інформагико-математичного ліцею, м. Миколаїв
Генеральний Секретар АКШУ	- Ірина Козіна, директор ліцею №38 ім. В.М. Молчанова м. Києва

Цей же склад керівництва обирався ще двічи і діє по сьогоднішній день.

АКШУ - добровільна громадська організація директорів та заступників директорів середніх загальноосвітніх і професійних навчально-виховних закладів України, які на добровільних засадах об'єдналися для виконання основної мети: сприяння розбудові національної освіти як важливого засобу творення української держави, підвищення професійної майстерності, управлінню школою та захисту інтересів своїх членів. АКШУ має свій Статут, зареєстрований та затверджений згідно чинного законодавства. В асоціації налічується понад 300 членів керівників шкіл з різних регіонів України.

За минулі роки, незважаючи на важку економічну ситуацію, проведена велика робота по визнанню такої організації всередині країни та на міжнародному рівні: створені умови та започаткована система навчання директорського корпусу (центри в Україні: Київ, Львів, Стрий, Кіровоград, Харків, Одесса, Рівне), враховуючи націоналний досвід та досвід країн Європи, сформований інформаційний банк даних про стратегічні напрямки в освіті, професіоналізм та компетентність керівника (з 1997 року випускається газета "Директор школи", головний редактор - президент АКШУ Олена Онаць). В напрямку активізації участі у міжнародних проектах в галузі освіти працювала регіональна Україна-Нідерланди-Бєларусь-Болгарія програма ЕSНА-DЕЕР з актуальних проблем управління сучасною школою та фахової підготовки сучасного керівника: з вересня 2001 року розпочато роботу другого міжнародного проекту UDEM (Ukrainian-Dutch Educational Management). Координаторами проекту є Герман Босман (V.V.O Нідерланди) та Ірина Козіна (АКШУ-Україна) встановлено зв'язки з Всесвітньою Конфедерацією керівників шкіл (ІСР): значно зміцніли зв'язки АКШУ з Міністерством освіти і науки України, урядовими організаціями.